Если в панель яндекс вебмастера добавлял сайт на http а потом создал сертификат и сайт перешёл https, то для поисковых систем это уже новый сайт. Твой старый сайт на http будет выдавать (http 301 Moved Permanently) это редирект на новый сайт с https. Нужно в панели вебмастера в разделе перезд сайта указать, что сайт переехал на https. Затем добавь в вебмастере свой сайт только уже с
https://ваш домен/. В панели нового сайта через несколько дней будет видна статистика переиндексации нового сайта, и после полной переиндексации он станет основным зеркалом. Все плюшки сатрого сайта, который был на http будут действовать и для нового на https.